Mặc dù trị vì chỉ sáu năm và qua đời lúc 15 tuổi, những nỗ lực của Edward có ảnh hưởng lâu dài trên cuộc cải cách tôn giáo tại Anh, và trên cấu trúc tổ chức của Giáo hội Anh[157]. Trong thập niên cuối cùng của triều Henry VIII, cuộc cải cách không những bị chững lại mà còn có phần bị trì kéo trở lại các giá trị bảo thủ[158]. Ngược lại, dưới triều Edward cuộc cải cách có những bước tiến triệt để. Trong sáu năm trị vì của Edward, Giáo hội chuyển đổi mạnh mẽ từ giáo nghi đến cơ cấu tổ chức căn bản vẫn là Công giáo Rô-ma để trở thành một giáo hội Kháng Cách. Các văn kiện như "Sách Cầu nguyện chung", "Bộ Chuẩn tắc năm 1550", và "Bốn mươi bốn Tín điều" của Cranmer đã định hình Giáo hội Anh cho đến ngày nay[159]. Edward triệt để ủng hộ những thay đổi này. Mặc dù đây là thành quả của những nhà cải cách như Thomas Cranmer, Hugh Latimer, Nicholas Ridley, và được hậu thuẫn mạnh mẽ bởi Hội đồng theo khuynh hướng Tin Lành dưới triều Edward, chính yếu tố Kháng Cách là tôn giáo của nhà vua đã tác động tích cực đến sự phát triển của cuộc cải cách[160].

Nỗ lực của Nữ vương Mary nhằm đảo ngược cuộc cải cách của Edward đã gặp nhiều trở ngại. Mặc dù vẫn xác tín vào quyền tối thượng của Giáo hoàng, Mary phải chấp nhận vị trí hiến định là Lãnh tụ tối cao của Giáo hội Anh[161]. Nữ vương cảm thấy hoàn toàn bất lực khi cố phục hồi lượng tài sản khổng lồ đã được chuyển giao hoặc bán cho các chủ đất tư nhân[162]. Bất kể việc Nữ vương đưa lên giàn hỏa thiêu một số nhân vật Kháng Cách hàng đầu, nhiều nhà cải cách hoặc đào thoát ra nước ngoài hoặc ở lại trong nước và hoạt động chống lại Nữ vương, họ tích cực quảng bá tư tưởng cải cách mà bà không thể ngăn chặn[163]. Tuy nhiên, lúc ấy giáo huấn Kháng Cách vẫn chưa "bắt rễ sâu trong lòng" người dân Anh[164], và nếu Mary sống đủ lâu, theo quan điểm của một số sử gia, có lẽ bà đã thành công trong nỗ lực tái lập đạo Công giáo[165].

Sau khi Mary băng hà năm 1558, cuộc cải cách tôn giáo tại Anh được phục hồi, hầu hết các biện pháp cải cách được định hình trong thời Edward lại được xác lập dưới triều Elizabeth. Nữ vương Elizabeth thay các Giám mục cũng như các thành viên Hội đồng của Mary bằng những người đã phục vụ dưới triều Edward như William Cecil, từng là thư ký của Northumberland, và Richard Cox, thầy dạy của Edward, người thuyết giảng năm 1559 trước Quốc hội bày tỏ lập trường chống Công giáo[166]. Mùa xuân năm sau, Quốc hội thông qua Đạo luật Đồng nhất nhằm phục hồi, với một vài sửa đổi, "Sách Cầu nguyện chung năm 1552" của Cranmer cùng "Ba mươi chín Tín điều năm 1563", bản tuyên tín này lập nền trên bản "Bốn mươi hai Tín điều" của Cranmer. Những tiến triển trong lĩnh vực thần học dưới triều Edward cũng đã cung ứng nguồn tham khảo dồi dào cho chính sách tôn giáo dưới triều Elizabeth[167].